經國務院批準，財政部、國家稅務總局近日聯合下發通知，對臺灣航空公司從事海峽兩岸空中直航業務取得的來源于大陸的運輸收入和所得，自2009年6月25日起給予免征營業稅和企業所得稅的優惠。這是兩部門繼去年初聯合下發文件，支持臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航，再次加大臺灣公司從事海峽兩岸直航業務的支持力度。
建設海峽西岸經濟區具有重要的政治和經濟意義。據了解，早在2007年7月份，國家稅務總局就支持海峽西岸經濟區發展的有關稅收政策問題提出意見，要求福建國稅、地稅部門按照新時期稅收工作指導思想的要求，認真貫徹落實組織收入原則，進一步推進依法治稅，深化稅收改革，強化科學管理，加強隊伍建設，以實際行動積極服務海峽西岸經濟區建設。2009年元月份，經國務院批準，財政部、國家稅務總局聯合下發通知，明確自2008年12月15日起，對臺灣航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，給予免征營業稅和企業所得稅的優惠，有力地支持海峽兩岸的海上直航業務發展。統計數據顯示，2010年上半年，僅福州馬尾港出入的閩臺貨運直航集裝箱船舶達到467艘次，比去年同期增長26%。
“可以說為了支持我們臺資船運企業的發展，大陸政府打開了減稅的閘門，為我們減輕了稅收負擔�！�2004年就來惠安縣創辦興隆船務有限公司的臺商王富民說，在稅收優惠政策的刺激下，興隆開辟了與金門、馬祖的海上直航業務。據介紹，興隆公司在金門、馬祖直航業務中獲得的收入約為3000多萬元，正常船運企業的營業稅稅率為3%，興隆公司由于可以享受免征營業稅的優惠，僅營業稅一項就節省了90萬元。
而臺企連江恒通船務有限公司當初之所以選擇來福建投資，就是看重了這里的投資環境以及政府部門的支持，其中稅收優惠政策是很大的影響因素。據了解，該公司早在直航前就想換一批船了，但企業的資金有限，也不敢投入太多的錢。自從大陸對兩岸直航業務收入免征營業稅和企業所得稅后，恒通加大投入，淘汰了一批老舊且耗能大的船舶，購置了節能型的船舶，由此提升企業的競爭力。
福建稅務部門相關業務人士提醒，享受企業所得稅免稅政策的臺灣航運公司和航空公司應當按照企業所得稅法實施條例的有關規定，單獨核算其從事海峽兩岸海上起航、空中直航業務在大陸取得的收入和發生的成本、費用；未單獨核算的，不得享受免征企業所得稅政策。與時同時，享受免稅政策的臺灣航運公司，是指取得交通運輸部頒發的臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證，且上述許可證上注明的公司登記地址在臺灣的航運公司；臺灣航空公司是指取得中國民用航空局頒發的經營許可或依據《海峽兩岸空運協議》和《海峽兩岸空運補充協議》規定，批準經營兩岸旅客、貨物和郵件不定期（包機）運輸業務，且公司登記地址在臺灣的航空公司。
對于臺灣航空公司在2009年6月25日起至文到之日已繳納應予免征的營業稅和企業所得稅，上述聯合通知有明確規定，營業稅從以后應繳的營業稅稅款中抵減，在2010年內抵減不完的予以退還；企業所得稅在2010年內予以退還。
據漳州國稅部門相關人士介紹，兩岸直航業務收入免征營業稅和企業所得稅政策出臺后，部分陸路運輸企業也轉向了船運業，大噸位的船舶增加了不少，運力也跟著提高了，船運業煥發出了生機，拉動福建船運行業的進一步優化和升級，增強船運行業的整體競爭能力。