目前，我國能源體制主要存在如下問題：政府職能分散、行業分割、自成體系、彼此孤立、相互排斥，行業內部高度集中缺乏市場機制和發展動力。信息資源分散，缺乏科學準確統計，政府決策缺乏依據，應急反應缺乏數據支持。大型企業自立門戶，政府監管的權威受到挑戰。
盡管成立了國家能源局和國家能源委員會，但以往長期存在的能源體制分散化管理問題依然十分突出，一系列矛盾依然沒有解決，因此有必要對能源體制進行深入改革。
目前，我國能源管理的主要弊端是多頭分散管理，缺乏集中的、統一的、協調的能源管理體制，能源勘探、開發、生產、運輸、銷售等環節分散在政府部門，缺乏集中統一的協調和管理。
能源產業是一個有機體，各種能源是這個有機體的組成部分，特別是在我國一次能源與二次能源關系中，煤炭與電力之間的關系非常緊密。由于缺乏統一和協調部門，能源產業內部存在壟斷與競爭并存格局，內部設置壁壘，彼此進入困難，利益分配不公，產業結構調整和跨行業兼并重組困難重重，國際競爭力難以提高。
例如，國家將一次能源中的煤炭行業定性為競爭性行業，而二次能源中的電力行業實際上是壟斷行業，導致煤炭行業競爭與電力行業壟斷的局面，不利于能源上下游產業鏈的公平競爭，不利于能源產業重組和集團化發展，更不利于能源產業的國際競爭。由于國家能源管理趨于弱化和分散，全面統一的能源統計體系很難建立起來，能源統計指標體系也不完善，以至于難以進行完整、準確的能源生產和消費等環節的數據統計工作，能源信息、數據的可獲得性大大減小，可靠性也大大下降。
在煤炭行業，國家應該繼續推動完全市場化改革，對煤炭企業繼續進行戰略重組，徹底放開煤炭價格，建立完善的煤炭市場體系和機制，鼓勵市場競爭。
在油氣行業，繼續推動市場化改革，持續進行石油價格和天然氣價格改革，加快市場主體進一步擴大進程，制定更加完善的油氣市場準入制度，按照上下游各個環節區別對待原則，完善相關市場準入政策。對油氣上游實行適度集中，而下游充分競爭，允許符合條件的民營企業和外資企業進入各個產業環節。
對于電力體制，必須以真實成本加合理利潤方式，確定獨立的輸、配電價，還原電網企業的輸、配電功能，使壟斷業務與競爭性業務分離，電力調度機構與盈利主體分離，加強政府監管，實現公平開放、公平接入。在配電環節要實行多元投資，打破獨家壟斷局面，逐步建立靈活、公平、透明的電力交易市場機制。
從國家能源安全和經濟可持續發展的長遠需要來看，我國應建立集中統一的能源管理體制，建立能源管理機構和能源監管機構。在能源產業領域建立有效的政府監管體制，其目的主要是為了防止不正當競爭，解決市場失靈問題，保護消費者利益，維護市場公平環境。政府政策制定職能與政府監管職能分離，這是國外尤其是發達國家通行做法。能源管理機構負責能源戰略與法規的制定等，而能源監管機構是依據相應法律和規定制定詳細的監管條例，來維護市場秩序。