農業產業化最大的問題就是不安全的現代農業引發的食品安全問題。而之所以出現這樣的問題，是因為我國目前農業產業化模式出現了問題。
目前我國的農業產業化主體上基本分為兩類，一類是“農戶+龍頭”，另外一類是“生產基地+中介+批發市場”。這兩種模式從其本質來講，可以保證我國農產品數量上的充分供給，但無法滿足質的需要，難以提供安全的農產品。
第一類模式基本上都是半截子的產業化。龍頭企業通過收購農戶的產品，然后加工出售。龍頭與農戶這兩個冤家基本上是互毆，企業在市場上收購農產品時會拼命壓價，而有些農民為了多賺點錢也會采取各種方式增加農產品的數量，比如往肉里加水。分散的農民在與強勢的龍頭企業談判時一直處于弱勢，但弱勢者也有弱者的反抗武器，這種反抗的結果，只能讓消費者作冤大頭。所以目前這種半截子的農業產業化，因為源頭的產品有問題，后續的加工再安全也無法提供安全的食品。
第二種模式由于從田頭到餐桌經歷了太多的環節，每個環節都無法辨識農產品質量的高下，所以也無法解決質量安全問題。農民為了提高產量或者為了減少病蟲害，過量施用農藥、化肥、生長激素及抗生素，這種行為防不勝防。這種局面還會造成劣幣驅逐良幣效果，那些不用不安全農藥的農民反倒吃虧，產品難以在市場上賣到好價錢。
如何解開目前的死局？只能對目前的農業產業化方式進行重塑。
第一種方式是變半截子產業化到全產業鏈產業化，目前已有不少呼聲，包括最近炒得很熱的新概念“新農業”，聯想、匯源、中糧老總們都在提，丁磊、京東商城也都在做。需要有一批新進入者，通過全產業鏈，通過品牌塑造，區分與老品企業的區別，從而滿足消費者的需要。我國出現那么多的空心村，農村的土地一直在低效率地經營，應該引導農民進行土地流轉，讓那些真正愿意到農村搞全產業鏈的企業能夠拿到土地，改變目前半截子的產業化行為。
第二種方式是變多環節批發為產銷直接對接。這種模式核心目標就是減少中間環節，減少作假機會，也讓消費者能夠直接見到生產者，通過第三方的監管形成對生產者產生壓力，減少地方保護主義，形成正向效應。其實北京上海等地的一些單位都在搞特供基地，也是一種產銷直接對接的模式。意大利的中小學午餐原材料直供模式、美國的社區支持農業等都是在減少中間環節。產銷直供有一個前提，那就是分散的小農戶必須組織起來，通過發育專業合作組織，提供專業化的服務。比如一個養豬的農民專業合作組織可以專門往城市小區天天供應豬肉，一個黃瓜的專業合作組織專門供應黃瓜。通過直供，市民完全可以到專業合作組織的農田里監督他們是否是安全生產行為，如果違法添加不安全的東西，直接取消直供資格。
