三元股份11日晚間披露2011年年度報告，營業收入較上年同期增長19.36%，約為30.7億元，而營業利潤卻驟降251.14%，虧損約9948萬元；但歸屬于上市公司股東的凈利潤則微降5.34%，約為4872萬元，不過，扣除非經營性損益后，凈利潤虧損約4457萬元，而這也是連續三年公司扣除非經常性損益后凈利呈現虧損。
賣資產后扭虧
從非經常性損益項目詳情表來看，2011年度非流動資產處置損益約8619萬元，較上年同期的2.3億元大幅下降，而政府補助則有2919萬元，較2010年的1034萬元有大幅提升。而合并利潤表則顯示，由于1.3億營業外收入使然，公司利潤總額才得以扭虧。年報同時顯示，營業外收入多數由固定資產處置利得而來，此項收入約為9456萬元。
從子公司情況來看，三元股份旗下8家子公司有6家虧損。其中，河北三元虧損約7990萬元；呼倫貝爾三元虧損1324萬元；遷安三元虧損98萬元；柳州三元虧損約26萬元；北京三元梅園虧損212萬元；上海三元虧損約4035萬元。而實現贏利的僅為新鄉三元和天津三元，分別贏利1225萬元和34萬元。
根據同花順數據統計顯示，自2003年上市以來，三元股份9年間凈利潤總額虧損約1.5億元。由于連年虧損，公司僅在上市當年即2003年度實施分紅，其余8年均未分紅。
多項費用侵蝕利潤
公司主營業務顯示情況來看，報告期內僅有液態奶和固態奶兩項主營。其中，液態奶營收約24.5億元，毛利率為23.62%；而固態奶則營收約5.7億元，毛利率為10.79%。
不過，財務報表同時顯示，雖然營業成本遠低于營業收入，但是多項費用卻大幅上漲。2011年，三元股份的促銷費約為1.35億元，較上年同期的6367萬元實現113%的增長幅度，勞務費等費用也出現不同程度上漲，受此影響，公司營業費用約為6億元，較上年的4.9億元增長約22%。
此外，管理費用和財務費用也都有不同程度的增加。管理費用本期約1.6億元，而上年同期則約為1.5億元；財務費用本期約2521萬元，上年同期則約為1215萬元。
同期，公司的資產減值損失也大幅增長，約為6524.7萬元，而上年同期則僅為1597萬元。
現金流緊張
2011年8月25日，三元股份發布公告稱，將與新華聯控股組成聯合體，以不高于7.2億的金額參與太子奶破產重組，而一月之后的9月23日，公司再次稱計劃與臺灣愛之味公司等籌建一家生產無菌冷罐飲料的工廠，三元出資1億元。
有券商研報曾分析稱，自三元拿下三鹿后便深陷泥潭，三鹿未能有效消化完成，產能釋放因此受到掣肘，而頻頻大手筆投資，公司現金狀況令人擔憂，不排除通過出售子公司融資的可能。
而從公司年報來看，經營活動產生的現金流量凈額僅為321萬元，每股經營活動產生的現金流量凈額為0.004元/股；而投資活動產生的現金流量凈額則虧損約3.5億元，與上年虧損約9462萬元相比，虧損面已然擴大。