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財政部29日刊發的《關于調整鐵路運輸企業稅收收入劃分辦法的通知》(財預(2012）383號)顯示，從2012年1月1日起，鐵路運輸企業稅收收入劃分方式重新調整。
其中，鐵道部集中繳納的鐵路運輸企業營業稅(不含鐵路建設基金營業稅，下同)、城市維護建設稅、教育費附加由中央收入調整為地方收入，鐵道部集中繳納的鐵路建設基金營業稅仍作為中央收入。
而鐵道部集中繳納的鐵路運輸企業所得稅(含中鐵快運股份有限公司繳納的企業所得稅)由中央與地方按照60:40的比例實行分享。
跨省(自治區、直轄市，下同)合資鐵路企業繳納的營業稅、城市維護建設稅、教育費附加為地方收入。企業所得稅由中央與地方按照60:40的比例實行分享。
鐵道部集中繳納的鐵路運輸企業營業稅、城市維護建設稅、教育費附加和企業所得稅地方分享40%部分，由中央財政按照各省、自治區、直轄市鐵路客、貨運周轉量，客、貨運發送量等因素所占比例在地區間分配，分配比例每兩年根據上述因素變化情況進行調整。相關因素權重為：客運周轉量占36%，貨運周轉量占54%，客運發送量占4%，貨運發送量占6%。
跨省合資鐵路企業繳納的營業稅和地方分享的所得稅收入，按照相關省份鐵路客、貨運周轉量和運營里程等因素所占比例在相關地區分配，分配比例每兩年根據上述因素變化情況進行調整。相關因素權重為：客運周轉量占28%，貨運周轉量占42%，運營里程占30%。
具體執行方面，2011年度及以前鐵道部集中繳納的鐵路運輸企業超繳、欠繳和漏繳的營業稅、企業所得稅(含中鐵快運股份有限公司繳納的企業所得稅)、城市維護建設稅和教育費附加，按照新的中央與地方收入劃分和地方收入分配辦法執行。
而2012年鐵道部已經集中繳入中央國庫的鐵路運輸企業營業稅、城市維護建設稅、教育費附加和地方分享的企業所得稅(含中鐵快運股份有限公司繳納的企業所得稅)，由財政部、中國人民銀行按照核定的分配比例調整為各地方收入。
對2012年已經就地繳入注冊地國庫的跨省合資鐵路營業稅和企業所得稅(地方分享40%部分)中，按照中央財政核定的比例應屬于其他省市分享的部分，年終結算時，由注冊地財政上解中央財政，再由中央財政分配到相關地區。
已經達成跨省分配協議的合資鐵路稅收，可按照明確后的跨省合資鐵路收入分享入庫辦法執行。
當年新投入運營的跨省合資鐵路，其繳納的稅收暫按里程因素所占比例在相關地區分配，第二年開始按照相關省份鐵路客、貨運周轉量和運營里程等因素所占比例在相關地區分配。
《通知》稱，以上調整的目的是理順鐵路運輸企業稅收收入劃分，妥善處理地區間利益分配關系，做好鐵路運輸企業稅收收入的征繳入庫和分配管理工作。
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