根據國務院機構改革和職能轉變方案，不再保留鐵道部，實行鐵路政企分開。將鐵道部擬訂鐵路發展規劃和政策的行政職責劃入交通運輸部；組建國家鐵路局，由交通運輸部管理，承擔鐵道部的其他行政職責；組建中國鐵路總公司，承擔鐵道部的企業職責。
對此，不少網民認為，鐵路深水區改革剛剛起步，改革難度不容小覷，其難點在于提高管理效率，減少尋租空間。而一旦鐵路實現政企分開，受制于成本和經營的壓力，票價和運價或暫時上漲，這是鐵路市場化改革不得不邁出的一步。
政企分開值得稱道
網民“我就是泰山黃河”認為，這次拆分，政策方面的職能歸到交通運輸部，執行方面的職能歸到中國鐵路總公司，為以后的政府職能轉變，提供了范本。
網民“wwj阿炬1992”說：“別了，64歲的鐵道部。政企分開有利于中國鐵路事業的長遠發展。我所關心的是，市場化運作下的中國鐵路票價，可別漲得太猛啊。”
網民“青評”認為，實行政企分開，中國鐵路事業行將翻開歷史新頁。由于鐵路貨運尚有一定利潤，而鐵路客運呈常年性虧損，適度提高運價，將首先從鐵路客運起步，從現在起，人們應當對火車票價格建立相應的心理預期。這再次印證了一條顛撲不破的真理：任何改革都不是免費的午餐。
改革難度不容小覷
署名為“葉檀”的博文認為，中國鐵路深水區改革剛剛起步，政企分開值得稱道，但此時下任何市場結論，都為時過早。鐵路改革的難點在于提高管理效率，減少尋租空間。
網民“張敬偉”認為，鐵道部雖然政企分家，人們還有一個最大的疑惑：鐵路欠下的巨額債務怎么辦？據統計，截至2012年三季度，鐵道部已經負債超過2.6萬億元。這2.6萬億債務，不管是實際償還，還是國家買單，都將是鐵路總公司擺脫不了的負擔。另外，新的鐵路融資博弈也不容忽視。雖然2005年、2010年和2012年國家先后出臺民資進入鐵路領域的文件，但民資很難沖破鐵路融資的“玻璃房”。政企分開之后，市場化的鐵路總公司不能再對民營資本麻木不仁。如何打破鐵路投資的鐵幕，讓社會資本廣泛參與是鐵路總公司面臨的迫切難題。這場資本的博弈大幕已經悄然拉開，考驗著鐵路總公司的資本運作能力。
票價運價將市場化
網民“鄭州”認為，原來的鐵道部政企不分，承擔部分公益職能，客貨運輸鐵道部是不能隨便漲降價的。政企分開后，鐵路公司經營是要利潤的，漲價是必然的。當然，如果無人坐火車，降價也是必然的。
署名為“葉檀”的博文認為，未來最有可能發生的情況與成品油市場一樣，鐵路運價除了公益部分由發改委主導，其他部分將逐步推行市場定價，鐵路運輸價格尤其是貨運價格的提升是大概率事件。鐵路管理有兩大權力，一是鐵路網的天然壟斷，二是與此相關的鐵路調度權。監管好兩大權利，進行準確定價，是未來鐵路改革市場化能否成功的重中之重。