日本農(nóng)產(chǎn)品流通有很多中間環(huán)節(jié)。從農(nóng)家到消費者之前，奶產(chǎn)品需經(jīng)過酪農(nóng)農(nóng)協(xié)、乳業(yè)加工廠商；蔬菜需經(jīng)過農(nóng)協(xié)、市場；大米需經(jīng)過農(nóng)協(xié)、政府、米谷業(yè)者。為了保障農(nóng)戶在產(chǎn)品流通中的利益，政府這只“手”始終發(fā)揮著作用。
早在1966年，日本就出臺了《蔬菜生產(chǎn)上市安定法》，建立蔬菜基地，適時調(diào)節(jié)蔬菜價格，并保護菜農(nóng)的利益和積極性。2010年3月，日本內(nèi)閣會議通過了新的《食品、農(nóng)業(yè)和農(nóng)村基本計劃》，提出要從增加農(nóng)民收入的角度出發(fā)，創(chuàng)造新的商業(yè)模式。
目前，為了減少流通環(huán)節(jié)雁過拔毛，日本地方政府提倡農(nóng)產(chǎn)品直銷。比如山梨縣政府，提供補貼和援助，鼓勵農(nóng)民發(fā)展第三產(chǎn)業(yè)，自己尋找直銷渠道或者建立直銷店。不少蔬菜直銷店位于交通要道上，方便司機休息時購買。由于直銷店產(chǎn)品比超市便宜不少，而且是新采摘的最新鮮產(chǎn)品，所以不少東京市民專程到這里來購物。
日本的農(nóng)產(chǎn)品直銷形態(tài)各異，有農(nóng)民把產(chǎn)品放在自己家里，通過網(wǎng)絡(luò)等現(xiàn)代科技手段直接銷售給客戶，目前，在日本網(wǎng)上購物流行，蔬菜網(wǎng)上銷售也成為新生事物，只是消費者一次購買量要大，少了運輸成本太貴，不劃算。有的在農(nóng)協(xié)的幫助下多家出資建立農(nóng)產(chǎn)品直銷設(shè)施，把農(nóng)產(chǎn)品拿到設(shè)施里直接銷售。記者去年曾參觀過千葉縣神崎町的農(nóng)產(chǎn)品直銷設(shè)施，面積僅幾十平方米，大約有幾百家農(nóng)民的蔬菜和加工食品在這里銷售，附近的市民徒步或開車到這里購買農(nóng)產(chǎn)品，由于神崎町提倡有機農(nóng)業(yè)，這里的蔬菜和加工食品大多是有機的，強調(diào)不用農(nóng)藥和化肥，雖然看上去這里蔬菜個頭并不大，但由于確保食品安全，每天下午，這里人來人往顯得十分熱鬧。
農(nóng)產(chǎn)品直銷，可把流通費用降到最低，市場價格可成為農(nóng)民的全部收入，農(nóng)民收入大幅提高；農(nóng)產(chǎn)品直銷，農(nóng)民可直接定價，一般情況下低于經(jīng)過諸多流通環(huán)節(jié)的商店零售價格，深受消費者的歡迎；農(nóng)民在銷售農(nóng)產(chǎn)品的過程中可直接聽到消費者對農(nóng)產(chǎn)品的評價，對提高農(nóng)民種田的積極性有很大幫助。這是一個增加農(nóng)民收入降低菜價的最好方式之一。但日本小型城鎮(zhèn)農(nóng)產(chǎn)品直銷搞得相對成功，大都市圈農(nóng)產(chǎn)品消費因為需求量大，小規(guī)模經(jīng)營的多數(shù)農(nóng)家難以滿足需求，大多要通過農(nóng)協(xié)代理銷售，經(jīng)過諸多流通環(huán)節(jié)。總起來說，在日本蔬菜直銷的數(shù)量還不夠大，約為蔬菜總產(chǎn)量的10%左右。大米的直銷量最大，截至2009年已占全國大米產(chǎn)量的36%。
日本的流通環(huán)節(jié)多雖然在一定程度上推高了菜價，但總體來說各個環(huán)節(jié)推高菜價的空間不大，因為無論農(nóng)協(xié)還是批發(fā)商所占的比例都是固定的，農(nóng)協(xié)因為不是盈利機構(gòu)，而是代表農(nóng)民利益的類似于工會的組織，不可能從中牟取暴利，批發(fā)商根據(jù)市場價格與農(nóng)協(xié)談判，最終只能賺取7%至8%的手續(xù)費，到了商場也只能在進貨的價格上加40%左右，太高了賣不出去，同時也受日本反暴利法的限制。因此，日本的菜價總體來說是比較穩(wěn)定的。主要影響菜價的因素是季節(jié)和氣候。冬天新鮮蔬菜多在大棚里種，農(nóng)民種菜成本高，自然新鮮蔬菜價格比其它時間要高上一倍左右，夏天干旱或發(fā)生水災、蟲災等天災，蔬菜收成不好，價格會貴一些。但這種情況不是太多，因為有進口蔬菜補充。進口蔬菜價格相對便宜。
日本的蔬菜自給率可達60%，剩下的部分依賴進口，日本為了控制外國蔬菜沖擊本國蔬菜，進口外國蔬菜時關(guān)稅很高，檢查嚴格，而且限量，如果某種蔬菜收成不好，日本會根據(jù)情況調(diào)整蔬菜進口比例。日本的蔬菜價格居高不下主要原因是政府保護農(nóng)民利益限制進口外國農(nóng)產(chǎn)品的政策所致，好處是有關(guān)法規(guī)和制度比較健全，各個流通環(huán)節(jié)都不能牟取暴利，哄抬物價，農(nóng)民利益也可以得到保護，菜價相對穩(wěn)定。
