2013年2月，中國香港特區政府化驗所發現，云南白藥樣本中含有未標示的毒性物質烏頭類生物堿，此后香港特區衛生署和澳門特區衛生局發出停用回收通知。
據此，有媒體質疑云南白藥的安全性。隨后，媒體又曝出“云南白藥悄然修改藥品說明書”。
云南白藥集團稱，截至今年3月，云南白藥集團膠囊劑、氣霧劑、片劑、顆粒劑、小容量注射劑(非最終滅菌)、橡膠膏劑等15個劑型全部通過國家新版藥品GMP認證。據新華社4月6日專電
事件
云南白藥含有未標示的毒性物質
2013年2月，中國香港特區政府化驗所發現，云南白藥樣本中含有未標示的毒性物質烏頭類生物堿，此后香港特區衛生署和澳門特區衛生局發出停用回收通知。對此，云南白藥表示，公司已經按照香港衛生署要求，補充完善相關產品注冊程序，香港衛生署也已同意恢復上架，并于2013年11月起在香港全面恢復正常銷售。
2013年2月7日，針對有媒體對云南白藥安全性及處方保密的質疑，云南省食品藥品監督管理局回應說明稱，云南白藥質量安全可靠，但需在醫生指導下按說明書規定用藥。回應說，云南白藥創制于1902年，是我國中醫藥傳統品種。
自1956年以來，其配方、工藝被國家確定為國家秘密技術，嚴格保密。根據國家保密法律法規的有關規定，凡列入國家秘密的品種，其說明書、標簽可不列成分項目。
回應
修改說明書系官方要求
云南白藥集團4月4日回應稱，修改相關藥品說明書是根據食品藥品監管總局通知要求而為，其藥品配方中所含草烏(制)在加工過程中，已使烏頭堿類物質的毒性得以消解或減弱，產品安全有效。
云南白藥集團提供的情況說明稱，此次修改相關藥品說明書是根據食品藥品監管總局的通知要求而為。
根據通知，全國各地中藥企業上千品種中含有28種毒性中藥飲片的產品說明書均需做出相應修訂。云南白藥已于2013年底全部完成說明書修改工作。
此次云南白藥在修改后的新版說明書上標注為：“本品含草烏(制)，其余成分略。”記者了解到，草烏又名“斷腸草”，入藥能祛風濕、散寒止痛。其塊根中含有的生物堿對腎臟有一定毒性，超量使用會引起口唇和四肢麻痹、惡心、嘔吐等癥狀，嚴重者可危及生命。
云南白藥集團表示，云南白藥藥品配方中所含草烏(制)及其安全性、有效性問題，公司已于2013年2月進行過公告，云南省食品藥品監督管理局也進行過發布。
“云南白藥藥品配方中所含草烏(制)通過獨特的炮制、生產工藝，在加工過程中，已使烏頭堿類物質的毒性得以消解或減弱，產品安全有效。”
情況說明顯示，該公司曾在2010年至2012年間，對1億瓶云南白藥和17億粒云南白藥膠囊進行不良反應監測，共監測到各類不良反應28例，主要表現為皮膚過敏、發癢等，未監測到嚴重不良反應。