環保部近期下發《關于2011年環境保護部掛牌督辦環境違法案件的通知》，在本次被環保部點名掛牌督辦的15家企業中，有10家是制藥相關企業，其中包括了2家上市公司：永安藥業和海正藥業。
上海證券點評稱：
所謂掛牌督辦，就是對環境違法企業進行警示和提醒。被掛牌督辦的企業，期間的生產經營可以照常進行，但是需要在最后期限內完成整改。環保部有關人士表示，環保部每年會推出專項檢查，檢查企業環境違法行為，其中制藥行業一直是重點檢查領域。
制藥行業是國家進行化學耗氧量、氨氮排放監管的重點行業之一。環保部公開數據顯示，2009年中國制藥工業總產值占全國GDP不到3%，而污染排放總量卻占到了6%。在制藥業中，原料藥行業屬高污染、高耗能產業，對大氣、水域的污染尤為嚴重。曾有媒體報道，浙江八成原料藥生產企業的環保措施不達標。
從行業本身來看，原料藥生產需要消耗大量的糧食及化工原料，容易造成“高污染、高耗能”。尤其是原料藥生產要消耗大量糧食、水、電等資源，其中生成的原料藥成品只占小部分，大部分變成了廢水、廢氣和廢渣，并且排出的“三廢”中往往污染物濃度高、成分復雜，處理難度大。
同時，生產一種原料藥往往需要進行少則幾個多則數十個步驟，使用的原材料有的甚至多達三四十種，不僅產生的廢水、廢渣數量大，而且含有大量難以生化降解的化學合成物質和殘留藥物成分，因此原料藥生產企業的廢水處理難度要遠遠高于普通的大化工廠，這也是原料藥生產企業共同面臨的行業難題。有專家指出，整個原料藥生產行業，真正環保達標的企業不超過20%。
此外，國內大部分原料藥生產企業從事的是最低端的生產，是典型的低附加值高污染，一些規模較小的企業利潤原本就十分微薄，因此在環保投入上也顯得力不從心。例如，維生素或抗生素行業，同品種生產企業數量多，產能過剩嚴重，導致污染治理費用在產品制造成本中占有較高的比重。從國際趨勢看，因為在一些發達國家處理“三廢”的成本往往要超過藥品生產本身，所以發達國家多年前就把高污染、低附加值的原料藥產業轉移到發展中國家。
2010年7月開始實施的《制藥工業水污染物排放標準》為國家首次發布制藥工業污水排放標準，是國家強制性標準，主要指標均嚴于美國標準。考慮到節能環保是“十二五”規劃的戰略性新興產業，未來幾年國家將會進一步加大環保措施的實施和對環境監管的力度。很多原料藥企業現有的廢物污染防治設施能力與該標準要求存在著差距，企業必須采取措施應對。預計環保費用將大幅度上升，那些以犧牲環境為代價的重污染生產工藝以及相應的中小企業將被加速淘汰。
短期看，國家加大環保監管力度，無疑會增加企業的環保成本，造成企業利潤下滑；但長期看，加大監管對原料藥行業的發展利大于弊。首先，上市公司都屬于各行業的龍頭企業，一些中小企業停產，可以擴大其產品的市場占有率；第二，有利于促進企業進行上下游整合，提高產業鏈覆蓋率；第三，有利于促使企業在新藥研發上加大投入比例，提升產品競爭力。
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