前教育部副部長張保慶認為，高等教育的成本核算目前還是一個大難題。對教育成本通行的計算方式有兩種：一個叫實付制，即當年搞項目所花的錢都要算在教育培養成本里面；還有一個叫權責制，即把所有用于支持高校發展、所有與學校有關的費用統統計算在里面。實際操作起來非常復雜。
譬如投資一個項目，建教學樓、科研樓或學生宿舍，是要長期使用的，這個成本當然不能集中在新入學的這一兩屆學生身上，由他們來全部承擔，但具體如何來分解？按多少年折舊比較合理，還沒有一個比較科學的統一標準；另外，還有校園征地的費用、水電網的鋪設、大型科研儀器設備的投入等，這些基礎設施的建設費用應該算誰的？
張保慶介紹，對學費有兩種核收方法：一種是按實際成本；一種是按日常的運行成本。考慮到中國的國情和成本計算的復雜性，我們選取了后一種辦法。我們對高校生平均年日常的運行經費進行過充分調研，高的超過1．4萬元，低的在1萬元左右，綜合一下，按25％提取，每個學生每學年的學費定在3500元，現行的學費標準就是這樣計算出來的。
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